Fue en noviembre de 2003 cuando Unión Fenosa trató de dar respuesta a las demandas de los vecinos de Os Castros que exigían una solución a los problemas generados por las descargas de carbón en el puerto, aunque el proyecto había nacido ya en 1999 con la pretensión de que fuese una realidad en 2002. Para evitar la llegada de partículas de mineral a las viviendas a causa de su manipulación en el muelle del Centenario, la compañía eléctrica planteó la construcción de un almacén con un circuito cerrado para la entrada y salida del combustible al que se denominó de forma pomposa como Palacio del Carbón y cuya licencia de construcción concedió el Ayuntamiento en ese mes.

En aquel momento, Fenosa calculó que el recinto entraría en funcionamiento a mediados de 2005, que su coste sería de 20 millones de euros y que durante su primer año completo de actividad pasarían por sus instalaciones dos millones de toneladas de carbón. Ya al año siguiente el edificio proyectado en el Centenario había adquirido el nombre por el que es conocido en la actualidad: la Medusa.

Su promotora había concebido este proyecto como una solución temporal al problema de las descargas hasta la entrada en servicio del puerto exterior, al que confiaba en trasladar la llegada del carbón en 2013. Por esta razón, el entonces presidente de la Autoridad Portuaria, Guillermo Grandío, declaró que no descartaba organizar conciertos en la Medusa una vez que hubiera abandonado su actividad como almacén de carbón.

El proyecto quedó en entredicho cuando en enero de 2005 Fenosa inauguró el circuito cerrado para la carga y descarga del carbón, ya que el delegado de la compañía en Galicia, Luis Díaz, explicó que este sistema reduciría en un 90% las emisiones de polvo al aire y que por lo tanto la Medusa dejaba de ser un "objetivo fundamental". Pero en septiembre de ese mismo año la empresa daba marcha atrás y adjudicaba la segunda fase de las obras del edificio, sobre el que desveló que tendría una altura de 27,6 metros, un diámetro interior de 105 metros y capacidad para albergar 100.000 metros cúbicos de carbón.

El 15 de junio de 2007, dos años más tarde de la fecha prevista para su inauguración, la Medusa comenzó las pruebas para la descarga de carbón, cuando el edificio aún no estaba concluido. El mercante Sako Nnet, con 70.000 toneladas de carbón a bordo, fue finalmente el 11 de julio de ese año el primer buque descargó el mineral en la Medusa, que a partir de ese momento llevó a cabo de forma regular estas operaciones en el recinto.

El uso de ese depósito acababa con las molestias generadas a los vecinos por Unión Fenosa, pero no con el problema del carbón, ya que otra empresa eléctrica, Endesa, también utiliza el puerto de A Coruña para proveerse de este combustible, que destina a su central térmica de Ponferrada. El Ayuntamiento planteó a la firma que utilizase también la Medusa para almacenar su carbón, aunque la respuesta fue que no construiría una instalación semejante ni pagaría por utilizar la existente.

Las reclamaciones de los ciudadanos llevaron a Javier Losada, entonces candidato socialista a la Alcaldía, a manifestar en mayo de 2007: "Si no usan la Medusa, tendrán que irse". Pero en septiembre de ese mismo año un mercante de grandes dimensiones arribó al puerto con 90.000 toneladas de carbón y el viento llevó una vez más el polvo hasta Os Castros, donde los vecinos recordaron al ya regidor la promesa que les había hecho. Para tratar de salir del apuro, Losada planteó que fuese la Autoridad Portuaria la que costease del uso del almacén por parte de Endesa, aunque la respuesta fue negativa.

Llegado ya 2013, año en el que Fenosa preveía trasladar sus descargas a Langosteira, el puerto exterior carece aún de conexión ferroviaria y no se prevé que pueda contar con ella al menos hasta 2018, por lo que la Medusa continuará su actividad hasta esa fecha, mientras que Endesa mantendrá sus descargas al aire libre también durante ese periodo.