El informe final de la Unidad Central Operativa (UCO) de la Guardia Civil sobre el caso Rato destaca la existencia de "abrumadoras pruebas" que acreditan que el exvicepresidente del Gobierno y exdirector gerente del FMI cometió supuestamente blanqueo de capitales, corrupción entre particulares, administración desleal y fraude a Hacienda en sus negocios privados. Sin embargo, el expresidente de Bankia considera que las conductas que se le atribuyen tras las pesquisas no se corresponden con delitos y señala una "interpretación maliciosa" de los hechos.

La detención de Rato y los registros en su casa y su despacho aportaron cuantiosa información a la Guardia Civil que se sumó a los informes de la Agencia Tributaria y la documentación oficial. El informe final de la UCO, remitido al juzgado que investiga el caso, destaca que Rato utilizó Bankia, entidad que en esos momentos presidía, para introducir a una empresa de su trama (Aedifica Grupo) en la construcción del nuevo estadio del Valencia Club de Fútbol. Bankia había concedido al club un crédito de casi 350 millones. La UCO considera que la conducta del directivo podría ser constitutiva de un presunto delito de administración desleal.

Además, el informe destaca que Rato ocultó sus intereses en el banco de inversiones Lazard. La UCO le atribuye la comisión de un supuesto delito de corrupción entre particulares porque siendo presidente de Bankia esta entidad contrató a Lazard para labores de asesoría externa y registró "un importante aumento de la facturación . Además, la UCO también habla de un presunto delito de blanqueo de capitales asociado a un préstamo de 2,2 millones de dólares que Lazard concedió a Rato y en el que "se habrían utilizado entramados financieros para encubrir su origen ilícito".

La UCO también hace mención a los trabajos de asesoría que Rato realizó para Telefónica y aprecia delitos fiscales ya que los servicios se facturaron a nombre de un empresa, Kradonara, y no a su nombre, con lo que se ahorró cientos de miles de euros en impuestos.

Rato, en un nuevo recurso ante la Audiencia Provincial de Madrid, replicó que su caso es "una inquisición general" basada en hipótesis y solicitó el sobreseimiento. Alega la violación de derechos fundamentales y explica que las conductas que se le atribuyen no son delictivas sino una "interpretación maliciosa" de pruebas, como el contrato suscrito con Lazard, del que señala alertó a la UCO. La defensa de Rato señala que el crédito de 2,2 millones que le concedió el banco de inversiones se trató de "un préstamo perfectamente legítimo".