El Consello de Contas fiscalizó en 2012 a una cincuentena de entidades beneficiarias de subvenciones públicas por cursos de formación realizados en 2010. Fesán era una de ellas (fue la tercera fundación con más ayudas recibidas), pero también analizó cursillos impartidos por otras entidades como la empresa Gecreri y la Fundación para el Desarrollo de la Empleabilidad y la Formación (Fundefo), ambas del empresario coruñés Gerardo Crespo, imputado en la presunta trama de estafa en ayudas públicas de la Xunta en la denominada operación Zeta. Crespo, que en su contabilidad B, según consta en el sumario del caso, registró pagos a altos cargos de la Xunta (ya dimitidos), incurrió en los cursos que ofreció en casi las mismas deficiencias que Fesán: subcontratar con empresas vinculadas, gastos de control de calidad al límite máximo, ayudas al transporte generalizadas sin justificar la necesidad de desplazamiento de los alumnos o falta de constancia de la existencia de partes mensuales de asistencia firmados por los alumnos para constatar que acudieron al curso.
