Antes del inicio escolar, el Gobierno y las comunidades autónomas fijaron el protocolo que hay que seguir al detectar casos de gripe A en los colegios, en el que se establecía que los centros no se cerrarían aunque hubiese un brote del virus AH1N1. "No habrá cierre de colegios. Es una decisión unánime. La gripe A es una enfermedad nueva que a las autoridades preocupa y ocupa pero vamos a darle la normalidad que se merece", señalaba en su momento la ministra de Sanidad, Trinidad Jiménez.

Tras la reunión con los representantes de las comunidades, Jiménez señaló que una comisión especial es la encargada de seguir la incidencia del nuevo virus en las aulas y que "cada caso se analizará por separado". "Las medidas que se tomarán serán proporcionadas a cada situación pero la apertura de las aulas será una constante", indicaba la titular de Sanidad, en una comparecencia en la que también se anunciaba que España no pensaba modificar el calendario escolar por la gripe.