Hoy en día la peculiar silueta de este edificio ya es inseparable de la imagen del puerto coruñés, pero cuando diez años la Medusa inició su actividad en el muelle del Centenario representó un hito en la historia de los muelles, debido a la larga historia de protestas vecinales por la manipulación del carbón. Según la Autoridad Portuaria, el problema que hace diez años aquejaba a los vecinos de Os Castros "ya ha desaparecido prácticamente". Para Margarita Santiago, que en 2007 era la presidenta de la asociación de vecinos de A Gaiteira-Os Castros, la situación no es la ideal "porque la Medusa no está cerrada del todo, ya que la descarga se hace al aire libre".
El Puerto destaca que el pasado año sólo hubo una superación del límite de emisiones de partículas a la atmósfera, cuando la legislación permite que sean hasta 35, mientras que este año no se ha superado en ninguna ocasión. A esta situación han contribuido, según el Puerto, la coordinación establecida con las empresas que operan en los muelles, así como el progresivo traslado de tráficos a punta Langosteira, entre ellos los de los piensos, cuyas descargas también generaban protestas.
La antigua dirigente vecinal recuerda que desde un principio el colectivo reclamó que esta actividad se trasladara al puerto exterior, cuya construcción exigió "porque todos los contaminantes estaban aquí delante de los vecinos". Santiago destaca que en la actualidad "las fachadas de los edificios están llenas de carbón y la salud de los vecinos está afectada, mientras solo se piensa en vender los muelles"
Los residentes en Os Castros denunciaban continuamente la llegada hasta el barrio de partículas de mineral, que eran arrastradas por el viento durante las descargas, lo que animó a la entonces Unión Fenosa a construir en el extremo del muelle del Centenario un depósito al que el carbón llegara directamente desde los barcos y en el que se almacenara a cubierto. Su forma y color llevaron a que inmediatamente fuera bautizado como la Medusa.
El buque Sakonnet arribó a la ciudad el 12 de julio de 2007 con el primer cargamento de carbón que hizo posible comprobar el funcionamiento del almacén. La carga se depositaba en tolvas ecológicas que proyectaban agua para evitar el vuelo del mineral en polvo, que luego llegaba a la Medusa a través de cintas transportadoras cubiertas. En el interior, los trenes eran cargados a cubierto. Pero en el exterior aún se desarrollaba la carga y descarga de carbón por parte de Endesa, a la que exigió que adoptara un sistema similar al de Fenosa.
La compañía acabó por abandonar el puerto coruñés ante estas exigencias y solo regresó cuando los muelles de punta Langosteira iniciaron su actividad, ya que ahora desarrolla allí ese tráfico.
