El acuerdo al que llegaron Xunta y Fomento sin el Concello para definir el futuro de los muelles de A Coruña muelles de A Coruña recoge que una orden ministerial basta para aprobar la desafectación de los terrenos que permita su venta a terceros. Con ello, se modificaría de manera automática el Plan de Utilización de los Espacios Portuarios. Todo sin someterlo a ningún tipo de participación pública, que tampoco es obligatoria para la entrada en vigor del convenio. El primer pacto que se firmó, en febrero de 2004, entre los ayuntamientos de Arteixo y A Coruña, Xunta y Fomento, llegó a estar expuesto y a ser aprobado en el pleno, aunque sin responder a las cinco alegaciones que se presentaron en contra.

El borrador del convenio que negociaron los gobiernos de Alberto Núñez Feijóo y Mariano Rajoy, basado en el protocolo firmado sin el Ayuntamiento, estipula que Fomento se compromete a aprobar una orden ministerial "de desafectación de dominio público portuario de los muelles de Batería y Calvo Sotelo" antes del 31 de diciembre de este año por las necesidades económicas de la Autoridad Portuaria de A Coruña. Su tramitación requiere de "informes sectoriales" pero no de información pública, según el artículo 44 de la Ley de Puertos, al que aluden. Esta legislación señala que, tras una declaración de innecesariedad del Consejo del Puerto y un informe de Costas, Fomento puede proceder a desafectar los bienes de dominio público portuario, que "se incorporarán al patrimonio de la Autoridad Portuaria, quien podrá proceder a su enajenación, permuta o, en su caso, cesión gratuita".

La orden del Ministerio, prosigue el citado artículo, "conllevará la rectificación de la delimitación de la zona de servicio del puerto contenida en la Delimitación de Espacios y Usos Portuarios", también de manera automática. Este mismo artículo permite la "cesión gratuita" del espacio desafectado a favor de otras administraciones. En este caso, tras el acuerdo firmado el pasado mes, la Xunta se compromete a abonar 20 millones de euros. Según el borrador de convenio, Fomento se compromete a tramitar también la desafectación de San Diego "establecida en los convenios de reordenación urbanística de 2004, "a medida que se vayan extinguiendo las concesiones actualmente existentes.

El primer convenio de los muelles, firmado en febrero de 2004 y que quedó incorporado al plan general de 2013, no regulaba ni el procedimiento para desafectar los muelles ni fijaba plazos para hacerlo ni preveía participación pública. Sí fue expuesto. Los interesados tuvieron 20 días para presentar sus alegaciones. Fueron finalmente cinco. Una de ellas, la de la asociación de vecinos de Os Castros, que exigía que se renunciase a permitir la construcción de viviendas y se creasen espacios libres, equipamientos, comercios y una estación de transporte comarcal.

Otro recurso fue presentado por el BNG, que veía "desorbitada" la construcción prevista, al reservar 344.581 metros cuadrados para levantar pisos en San Diego y el muelle petrolero con una edificabilidad que oscilaba entre el metro por metro cuadrado y un tope de 1,5, el máximo legal. Una tercera alegación llegó de la federación de asociaciones de vecinos, que proponían que se vendiesen solo el 60% del espacio porque bastarían para "cubrir las necesidades de financiación del puerto". Los ecologistas del Comité de Defensa de las Rías Altas sumaron otra. Finalmente, el Pleno municipal ratificó el convenio el 5 de julio de 2004, con los votos del PP y del PSOE, y lo hizo sin ni siquiera contestar a las alegaciones y sin dictamen previo de la Comisión informativa. Solo el BNG votó no.

El octubre de 2004 se modifica el convenio para aumentar el porcentaje de vivienda protegida. Este se incorporó a la tramitación del plan general en 2009 pero desapareció en la versión definitiva de 2013. El segundo convenio establece que la tramitación de la desafectación debe realizarse a través de la modificación del Plan de Utilización de los Espacios Portuarios, que requiere exposición pública para presentación de alegaciones, según la misma Ley de Puertos. No fijaba fecha para el fin de la tramitación.

El Plan de Utilización de Espacios Portuarios (PUEP) del Puerto de A Coruña fue aprobado en 1999. Se modificó primero en 2012 para para recoger de manera específica las instalaciones de punta Langosteira. En noviembre de 2014, el Gobierno central dio luz verde a la modificación de la delimitación de espacios portuarios para, según la Autoridad Portuaria, "contribuir a la financiación de parte de las obras en punta Langosteira", permitiendo "usos no portuarios de interacción puerto ciudad". Se sometió 45 días a exposición pública. Los muelles del centro pasaban a tener uso portuario comercial y "no portuario interacción puerto-ciudad".