El Puerto reivindica su potestad para declarar protegidos los edificios en sus terrenos frente al Concello. Aunque reconoce el "valor" de la lonja del Gran Sol diseñada por Eduardo García de Dios y Félix Calderón Gaztelu, rechaza que el Ayuntamiento pueda hacerlo. Ahora mismo nada protege su integridad, como nada blindaba la caseta de Sanidad, derribada para hacer el túnel de la Marina, o el castillo de San Diego, desaparecido en los sesenta. El documento que blinda las construcciones en suelo portuario es su plan especial, del año 2000. Ni rastro de la lonja y sí de otras construcciones que, sin embargo, el plan general prevé que desaparezcan, como Comandancia y Aduanas. También cataloga concesiones como los silos de Cementos del Cantábrico o las instalaciones náuticas en el dique de Abrigo y, sin embargo, sin actualizar, no lo hace con la medusa. La diseñó César Portela y empezó a funcionar en el año 2007. No se sabe qué será de la construcción, ya de referencia en el Centenario, cuando el muelle sea liberado.

Salvo para los edificios BIC o del conjunto declarado monumento histórico-artístico, dependientes de Patrimonio, el plan deja en manos de la Autoridad Portuaria las decisiones que en ellos se tomen. Es decir, son los responsables del ente los que autorizarán cualquier reforma. En ellos no se pueden realizar obras de aumento o cambio del "aspecto físico" del inmueble y si se declaran en ruinas, no se pueden demoler.

Del dique de abrigo a la dársena, el plan especial incluye en su lista a la torre de control del dique, el Aula de Náutica de la UDC que está a su lado, el Oceanográfico y, mientras la concesión esté en vigor, "los edificios del Real Club Náutico y Casino". En la dársena, nombra el Náutico y la sede del Puerto. El documento protege las verjas y entradas de todo el perímetro portuario. En el área de Calvo Sotelo y Batería, blinda el mareógrafo, una pequeña construcción escondida a la vista de la ciudad. Tanto el mareógrafo como los silos de Cementos del Cantábrico figuran en el plan especial pero también en el plan general de Joan Busquets, que propone conservarlos.

El PGOM prescinde de Aduanas y Comandancia para extender una gran zona ajardinada hacia el litoral pero el plan especial las protege, igual que a la Delegación del Gobierno. En A Palloza, no se protege la lonja del Gran Sol pero sí la de camiones, una pequeña cubierta con dos alas triangulares.