Fernando Noya fue el director de las obras del puerto exterior desde su comienzo en 2005 hasta su conclusión en diciembre de 2011. Así lo aseguraron el propio director de Infraestructuras de la Autoridad Portuaria como el presidente del organismo, Enrique Losada, en los argumentos que presentaron ante el Tribunal de Cuentas para defenderse de la existencia de una posible responsabilidad en el pago a una empresa por una labor que ya efectuaba el propio Puerto.
Losada califica de "injusto" que el tribunal le reclame la devolución de las cantidades abonadas a Supervisión Langosteira porque estima que su actuación en relación al puerto exterior "excede con creces lo que se podría considerar una gestión diligente". También señala que ese trabajo le llevó a "abandonar la zona de confort" en su actividad profesional para "asumir un plus de responsabilidad", por lo que ante la iniciativa adoptada por Cuentas le lleva a "reflexionar sobre la conveniencia o no de este proceder".
El presidente del Puerto señala además que el contrato firmado en 2007 se trata de un asunto en el que no tomó "ninguna decisión", por lo que en caso de que finalmente fuese condenado a devolver lo pagado a la empresa, se produciría "una auténtica perversión del sistema".
Noya también tacha de "injusta" la actuación del tribunal y cree "evidente" que él fue en todo momento el director de las obras de Langosteira, hasta el punto de que entiende que ni el Puerto ni ninguna otra administración hubiesen reparado en que dejó de serlo entre abril y diciembre de 2007, para lo que aporta documentación en la que aparece como máximo responsable de los trabajos. El director de Infraestructuras no tiene "la menor duda" de que si durante ese periodo hubiera habido algún incidente o accidente habría sido identificado como el director de las obras y considera que la instructora de este procedimiento no podría eximirle de la responsabilidad de lo ocurrido en esas fechas.
Los escritos presentados por Losada y Noya detallan que el ingeniero contratado por Supervisión Langosteira desempeñó en realidad las labores de control de la ejecución de las obras durante su permanencia en el proyecto, por lo que "la prestación ha sido correctamente abonada de acuerdo con el contrato suscrito". Ambos responsables portuarios no explican por qué entre abril y diciembre de 2007 las certificaciones de obra fueron firmadas por el profesional de la empresa contratada ese año para la dirección de los trabajos.
Cuentas apreció además falta de transparencia y una rebaja del 26% en la adjudicación del contrato de control de ejecución de las obras, pero estimó que no debía pronunciarse sobre los hechos por ser ajenos a esta actuación. Sobre un contrato complementario al anterior firmado en 2009, el tribunal entiende que los pagos "están justificados" y que no hubo perjuicio para las arcas públicas. Tampoco aprecia responsabilidad sobre contratos suscritos entre 1997 y 2005 sobre los que se denunciaron irregularidades por ser adjudicados a un solo contratista, sus filiales o con empresas asociadas, así como en la firma de catorce contratos con un catedrático de la universidad danesa de Aalborg por ser hechos "ajenos al procedimiento contable. Tan solo menciona una posible duplicidad de pago que finalmente la instructora aprecia que se trata de la "realización de trabajos distintos por parte de la universidad referidos a dos fases del proyecto diferentes".
En cuanto a tres contratos en los que se denunciaron irregularidades, el tribunal considera que no tienen "ninguna incidencia" para la posible exigencia de responsabilidades a los dirigentes de la Autoridad Portuaria.
