Juan Carlos Valerón llegó al Deportivo en el verano de 2000, justo después de que el equipo blanquiazul conquistase el título de Liga. Llegó acompañado de Jose Molina y de Joan Capdevila procedentes del Atlético de Madrid, que se había hundido en el pozo de la Segunda División.

En esta trece temporadas, el mediapunta canario vivió unos de los mejores años deportivos del club coruñés, pero también sufrió la amargura del descenso.

En el verano de su llegada conquistó la Supercopa de España y dos años fue protagonista del Centenariazo en el Santiago Bernabéu, que permitió al cuadro blanquiazul alzar su segunda Copa, la primera de Valerón como deportivista. Ese verano levantó la segunda Supercopa. Nueve años después, 2011, vivió su primer descenso con el Deportivo; repitió en 2013 y regresó a Las Palmas.