Durante los diez años en los que BDO prestó sus servicios a Pescanova como auditora externa nunca puso salvedades a las cuentas, algo que sí había hecho su predecesora (Ernst & Young) en al menos diez ocasiones. El auto de apertura de juicio oral lleva a la auditora al banquillo por la comisión de "un delito de falseamiento de información económica y financiera", el mismo que se le imputa a su directivo Santiago Sañé, que deberá responder asimismo a la acusación de "un delito continuado de falseamiento de cuentas anuales". El juez José de la Mata pide a Sañé tres años y medio de prisión y una multa de 80.000 euros; a BDO, una sanción de 960.000 euros, además de la prestación de una fianza civil solidaria de hasta 34,3 millones (a depositar en un máximo de cinco días).
A juicio del instructor del caso Pescanova, "existen múltiples elementos indiciarios que permiten corroborar suficientemente [...] que BDO Auditores y Santiago Sañé tenían perfecto y completo conocimiento de las prácticas irregulares y que, sin embargo, las avalaron en sus informes de auditoría, todos ellos realizados positivamente y sin salvedad o comentario alguno". En las cuentas de 2012, que la auditora avaló cuatro días antes de la petición de preconcurso por parte de la pesquera, se reflejaban beneficios de 36,6 millones de euros, cuando en realidad las pérdidas rozaban los 800 millones. En febrero de 2013 "el presidente del comité [de auditoría] pregunta al auditor si hay suficientes actividades de control en el grupo para reducir riesgos de incurrir en errores, omisiones o fraudes que puedan afectar a la fiabilidad en la información financiera, y el auditor contestó que sí y que confiaba en la preparación del management", dice textualmente el auto de la Audiencia Nacional.
