José María Arias Mosquera no fue un partenaire cómodo en el consejo de administración de Banco Popular. Era un órgano más parecido a un sanedrín bélico „Emilio Saracho lo describió como epicentro de un "incendio de proporciones masivas"„ que a un equipo gestor de una entidad que hacía aguas, con la cotización en caída libre y que amplió capital con el objetivo de alcanzar una ratio de cobertura similar a la del sector; el análisis de a qué destinar los fondos o de cómo deshacerse de la enorme cartera de ladrillo lo hizo después, cuando ya había captado 2.506 millones de euros en una ampliación con unas cuentas maquilladas, según el informe realizado por los peritos del Banco de España, en manos del juzgado central de Instrucción número 4 de la Audiencia Nacional. De aquellos 2.506 millones de euros no queda nada; tampoco de la inversión de 50.613 gallegos, que tenía un valor de mercado de 445 millones en junio de 2015. En el documento pericial se dibuja al expresidente de Banco Pastor como un activista contra el aumento de capital e inquisidor ante los titubeos del equipo „tutelado por Ángel Ron„ que la diseñó.

Fue el 25 de mayo de 2016 cuando se sometió a votación en el consejo la intención "sorpresiva" de ampliar capital; la entidad no había cumplido los requerimientos del Banco de España en materia de saneamiento de activos tóxicos. Arias Mosquera fue el único que votó en contra. Así reza, en lo que concierne al exbanquero gallego, el acta de aquella reunión: "En anteriores sesiones del Consejo se ha planteado y acordado una operación combinada que contemplaba una ampliación de capital, la desinversión en activos no estratégicos y una operación corporativa. Para su sorpresa lo que ahora se presenta es una ampliación de capital de gran envergadura lo que hace muy difícil poder valorarla aisladamente en sentido positivo o negativo suscitando muy serias dudas de que pueda resultar beneficiosa a los actuales accionistas". La Fundación Barrié perdió, con la resolución del banco en junio de 2017, su mayor sustento económico.

El informe pericial exhibe también a un Arias "muy activo" en la Comisión de Auditoría de julio, cuando ya se había validado la ampliación. Creen los peritos que, a tenor de las preguntas formuladas en aquel encuentro, "los miembros de la Comisión de Auditoría „entre los que estaba Arias„ y, presumiblemente el resto de miembros del Consejo no conocían [...] la calidad de la cartera y sus necesidades reales de provisiones, que debieron ser tenidos en cuenta a la hora de establecer el capital a ampliar". La operación no eliminó las dudas del mercado y, aún antes de que Banco Popular aflorase unas pérdidas muy superiores a las estimadas en el folleto (3.485 millones versus 2.373), entró en escena la operación para sacar a Ron de la presidencia. También ahí Arias Mosquera fue claro. " Vicente Tardío, François Martin, Jaime Ruiz y José María Arias estaban a favor de iniciar un proceso sucesorio, condicionado a la no celebración de una Junta General". La elección de Saracho „de una terna con Manuel Pizarro y Ángel Rivera„ tampoco salió bien.