En la celebración del primer aniversario de la victoria en la Guerra Civil, cuando Franco explicaba a embajadores de la Alemania nazi y de la Italia fascista su gran proyecto en el Valle de los Caídos no tenía intención alguna de trasladar a su mausoleo a los muertos del bando enemigo. Pero tampoco preveía que fuera a tardar casi 20 años en construir el monumento ideado en 1940 para inmortalizar su victoria.

No fue hasta 1959 cuando se produjeron los primeros trasladados al Valle de los Caídos. Un total de 11.329 cuerpos fueron llevados ese año al gran cementerio de la Guerra Civil, según el informe de la comisión de expertos sobre el futuro del Valle de los Caídos.

El régimen necesitaba restos para alimentar la enorme cripta y el Ministerio de Gobernación los pidió por carta a ayuntamientos de toda España, pidiendo además que respondieran con la "mayor brevedad posible. Muchos municipios contestaron que no tenían muertos del bando nacional, pero sí fosas de republicanos. Y así empezó el trasiego hacia el Valle de los Caídos de camiones cargados con víctimas del otro bando.

El primer caído en llegar al Valle no fue José Antonio Primo de Rivera y Franco, no fue el último. Los restos de Primo de Rivera fueron trasladados del monasterio de El Escorial al mausoleo el 30 de marzo de 1959. Pero días antes, el 17 de marzo, ya habían llegado a la gran sepultura los cadáveres de 75 muertos en Madrid. El caído número 33.847 se registró en el año 83, con el primer gobierno de Felipe González: un alcalde catalán, de Villafranca del Penedés, fusilado en 1936 por el bando republicano.

Treinta y seis años después del final de la Guerra Civil, el 23 de noviembre de 1975, fueron inhumados en la Basílica del Valle de los Caídos los restos de Franco, fallecido el 20 de noviembre de ese mismo año.

Si embargo, algunos historiadores ponen en duda que los restos de Franco estén en el Valle de los Caídos. Esa es la hipótesis que plantea Román Gubern en el guión de Espérame en el cielo, que sostiene que un ciudadano muy parecido al dictador fue secuestrado y trasladado a los sótanos del palacio del Pardo, donde lo instruyeron para que se comportara y actuara como él. Pero no solo eso, sino que también plantea la posibilidad de que el cadáver que yace en el Valle sea el doble y no el dictador, que habría sido enterrado por la familia en un lugar secreto por miedo a posibles atentados en los primeros años de la democracia. La historia del doble de Franco cobró fuerza en la década de los noventa, cuando un exempleado de Bazán reveló que el sadense Isidro García Collado, del que su familia no volvió a saber nada desde el año 1942, fue el doble del dictador, probablemente a la fuerza.