Franco lo incorpora en 1962 a las filas de su Gobierno. Había pensado en él para ministro de Educación. Daba el perfil. De hecho, ya había ocupado previamente secretarías de Estado en este ámbito. "Quizás si hubiese sido ministro de Educación España no estaría hoy a la cola en el Informe PISA", expresaría décadas después en una entrevista el político villalbés. Le tocó Información y Turismo, una cartera ambiciosa dada la cerrazón que la dictadura, como tal, arrastraba de las dos primeras décadas franquistas.

De Manuel Fraga se esperaba un aire aperturista en medio del oscurantismo y el control sembrado por el Caudillo. El León de Villalba se hizo visible en la política nacional, pero pronto llegarían las críticas tanto del núcleo duro de la Falange como la de la otra España que luchaba contra la censura y el centralismo. En Turismo fue capaz, en siete años de gestión, de situar a España como potencia en este sector. La primera industria del país.

Más complicada resultó su tramitación de una supuesta libertad de prensa, derecho que se presentaba, al menos conceptualmente, incompatible con el régimen. En 1966 sacó la ley de prensa, más conocida como Ley Fraga. Si bien modificó el concepto de censura previa, sí contemplaba mecanismos para que la información publicada en los medios "respetaran el interés de España". ¿Cuáles? Desde apertura de expedientes, hasta sanciones y secuestro de publicaciones. El artículo 2 de la ley obligaba a respetar "los principios fundamentales del Movimiento". Además, el Gobierno se reservaba el poder de enviar a los medios notas que debían insertar obligatoriamente, así como rectificaciones ante noticias "perjudiciales" para la dictadura. De 1966 a 1975 se abrieron 1.270 expedientes a medios de comunicación. Según comentó el propio Fraga en declaraciones, ya en su etapa como presidente de la Xunta, "el día más tranquilo del año era el 25 de diciembre, Navidad": un día sin periódicos. El Caudillo no soportaba que algún periódico "intentara meterse con él". ¿Cómo definía Fraga a Franco en sus contadas palabras sobre su etapa ministerial?: "Hombre de poderoso instinto con una serenidad y frialdad que llegan a ser exasperantes". Uno de los episodios más controvertidos de Fraga como ministro fue la ejecución del dirigente comunista Julián Grimau. La comunidad internacional se opuso al fusilamiento de Grimau. Aunque con versiones distintas de lo ocurrido, al final hubo ejecución y las críticas a España se dispararon.

La etapa al lado del Caudillo no sería fácil. El ocaso de su cargo en la dictadura coincidió con el escándalo del caso Manresa que, pese a la censura, fue capaz de ocupar portadas y portadas. A finales de los sesenta este escándalo económico golpeó duramente al régimen. Matesa (Maquinaria Textil del Norte de España) recibió créditos del Gobierno por valor de más de 10.000 millones de pesetas. Su exportación de telares, no obstante, no era tal. "Los azules", entre los que se encontraba Manuel Fraga, intentaron frenar la estrategia de "los tecnócratas" (ministros vinculados al Opus Dei), que habían propiciado las operaciones fraudulentas de Matesa.

Fraga cesó en su cargo al producirse una crisis en el gobierno franquista en diciembre de 1969. Tras este punto y aparte, el político gallego probó suerte en la empresa privada. La parte de su vida quizás menos conocida: fue director general de Cervezas Águila, presidente de la Unión Resinera Española, consejero de la Compañía de Seguros Occidente y también de la compañía de reprografía Rank Xerox. Más sonada fue su etapa de embajador en Reino Unido e Irlanda del Norte. Fue como un retiro dorado del73 al 75, aunque algunos lo consideraron como un exilio o incluso un castigo. Muchos lo recuerdan con ese look británico, con bombín, gabardina y paraguas negro.

Tras la caída de una bomba nuclear, había que acallar los rumores de radiación y contaminación. La imagen de Fraga, junto al embajador norteamericano, en bañador daría la vuelta al mundo. Fue en 1966. Se quitó el traje de ministro para defender la imagen de España. Fue el símbolo del "no pasa nada". "Conseguimos que en la portada del The New York Times, salieran cuatro hombres en bañador", expresó Fraga en unaentrevista.

En 1964, durante una jornada de caza (una de sus grandes pasiones) ocurrió una de las anécdotas que recordó en numerosas ocasiones a lo largo de su vida. Un perdigonazo que le dio, sin querer y en el trasero, a la marquesa de Villaverde. Fue en una cacería de perdices en Mudela, en fin de semana, con Franco. Disparaba sin pantallas y Carmen Franco recibió el desafortunado plomazo. Todo se quedó en un susto.