En 1816, Juan Manuel Bedoya es nombrado académico de la Real Academia de la Historia, título que él estimará muchísimo, manifestando que es el que más aprecia entre todos los que posee. En este mismo año, hace oposiciones a la canonjía de penitenciario de la catedral metropolitana de Santiago de Compostela, con brillantez, siendo muy aplaudido, pero sin éxito; lo que dio lugar a circular por la ciudad unos papeles que decían: "O Bedoya penitenciario o el pueblo incendiario".
Regresa a Ourense. El obispo Pedro Quevedo le recibe con afecto. Por las tardes en las horas en que llegaba el correo, asistía a las tertulias del prelado donde se comentaban las nuevas noticias, se recordaban amigos, lugares y tiempos pasados. Un buen día en una tarde del mes de septiembre de 1816, se recibe en el pazo episcopal la noticia de que el obispo Pedro Quevedo había sido elevado a la dignidad de cardenal de la Iglesia Católica por el papa Pío VII, mediante el Decreto Pontificio de 16 de septiembre de 1816.
Dicha noticia produce una gran alegría en todo el cabildo catedralicio, en la ciudad y en la diócesis, siendo dicho nombramiento muy celebrado con fiestas y obsequios. Ciertamente, don Pedro Quevedo lo merecía dado que tanto él como el Papa Pío VII habían sufrido la persecución y el destierro por las fuerzas intrusas francesas de Napoleón.
En 1817, el obispo cardenal Quevedo le encomienda la cátedra de Prima de teología en el seminario conciliar, que anteriormente había ocupado el canónigo Dámaso Iglesias, futuro obispo de Ourense. Introduce como texto La Summa Teológica de Tomás de Aquino, siguiendo al teólogo dominico, Domingo Soto, su modelo predilecto.
El obispo cardenal Pedro Quevedo enfermo muere, en la noche del 24 de marzo de 1818. Las campanas de la catedral y de las parroquias tocan toda la noche con sonido pausado y triste. El dolor y amor del pueblo a su pastor fue patente en sus exequias, celebrándose tres honras fúnebres. En las de la familia, que tuvieron lugar el 15 de abril, Juan Manuel Bedoya predica su panegírico desarrollando brillantemente esta frase e idea, "como niños hemos quedado sin padre". En 1819, con motivo de la muerte de la reina madre, doña María Luisa, predica un sermón en la catedral.
En 1820, el teniente coronel Rafael del Riego, alzado en armas con su regimiento en Cabeza de san Juan y apoyado por los liberales constitucionalistas, las juntas patrióticas y la milicia nacional, obligan al rey Fernando VII a jurar la Constitución del 1812 y a gobernar conforme a ella. Suben al poder los liberales moderados que ponen en vigor la mencionada Constitución y las leyes anticlericales y desamortizadoras de las Cortes de Cádiz, gobernando hasta 1824 con gran oposición de los partidarios del Antiguo Régimen, hasta que son echados del Gobierno por los Cien Hijos de San Luis de Francia.
Durante el periodo constitucional liberal de 1820 a 1823, Juan Manuel Bedoya es muy criticado por sus principios políticos liberales, recibiendo no pocos "desaires e insultos" de sus enemigos políticos, partidarios del Antiguo Régimen, que le tratan de "impío". En junio de 1821, pronuncia un famoso discurso en la catedral con motivo de la creación de la Diputación Provincial en Ourense.
El rey Fernando VII restablece el Antiguo Régimen, deroga de nuevo todas las leyes de las Cortes de Cádiz, menos la de los señoríos, y comienza una dura persecución de los liberales constitucionalistas con penas de destierro o muerte. Juan Manuel Bedoya, persona liberal, es desterrado, el 4 de enero de 1824, con otros dos amigos suyos, a más de cuatro leguas de la ciudad de Ourense por una comisión formada por el obispo Dámaso Iglesias y dos canónigos, obedeciendo órdenes del Capitán General, Nazario de Eguía, y del regidor de Ourense, marqués de Bóveda de la Limia.
Elige el monasterio de San Clodio, en el Rivero, permaneciendo aquí dos meses, regresando a Ourense. Pero el regidor ourensano informa de su vuelta a Ourense a Colomarde, ministro de Gobernación, quien ordena su extrañamiento en el convento franciscano de Buen Jesús de Trandeiras, que había sido incendiado y se hallaba deshabitado, viviendo aquí en circunstancias lamentables. Pasa al monasterio benedictino de san Esteban de Rivas de Sil donde su estancia fue grata. Su extrañamiento y destierro fue de 3 años y medio, hasta el 15 de julio de 1827.
El 18 de diciembre de este mismo año, le restituyen su prebenda de canónigo de la catedral ourensana, pero para olvidar el dolor y sufrimiento de su extrañamiento y destierro decide alejarse un tiempo de Ourense y viaja a San Lucas de Barrameda, refugiándose de nuevo en la casa de su hermana, donde encuentra la paz y el amor que necesitaba en espera de mejores tiempos políticos. El 29 de septiembre de 1833, muere el rey Fernando VII. Su hija María Isabel Luisa, de tres años, hereda los Reinos de España quedando como Regenta su madre, doña María Cristina, y jefe de Gobierno, el político liberal moderado Cea Bermúdez. Ahora, las circunstancias políticas han cambiado y le son propicias. El 1 de mayo de 1834, su amigo y compañero Don Félix Torres Ama es nombrado obispo de Astorga, hecho que celebra con gran alegría.
El 9 de mayo de 1834, el obispo Dámaso Iglesias bendice el nuevo cementerio municipal de san Francisco mandado construir por el gobernador político liberal, José Rodríguez Busto, y Juan Manuel Bedoya pronuncia un discurso. En este mismo año, es propuesto como subdelegado en Ourense de la Academia Greco-Latina, con sede en Madrid.
