En 1836, Juan Manuel Bedoya solicita el empleo de deán de la catedral de Ourense que se hallaba vacante por muerte de su antecesor. Le es otorgado por la regente de España, María Cristina, tomando su posesión el 30 de junio de 1836. En adelante, será, por antonomasia, el deán de la catedral Ourensana, aunque alcance superiores empleos y títulos. En 1839, pronuncia un sermón famoso de acción de gracias con motivo de la paz de Vergara y de la huida a Francia de Carlos Hugo, jefe político de los partidarios del Antiguo Régimen y pretendiente a la Corona Española. En 1840, con ocasión de la inauguración del panteón del obispo cardenal Pedro Quevedo, costeado por su amigo Manuel Fernández Varela, Comisario General de la Cruzada, pronuncia un emocionado discurso recordando su figura bondadosa y sabia. En este mismo año, el Gobierno le nombra presidente de la Junta Diocesana de dotación del culto y clero. Por muerte del obispo Dámaso Iglesias, en 1840, es elegido gobernador de la diócesis de Ourense, junto con el canónigo Joaquín Cordón, doctor en cánones, por el cabildo de la catedral ourensana. Espartero, Regente de España y general liberal progresista, sólo aprueba su nombramiento por orden de 14 de junio de 1841; pero, a petición suya, es asociado Joaquín Cordón por orden del 6 de junio de 1842. Entre los años 1843 al 1844, Juan Manuel Bedoya imprime y remodela las Sinodales del obispo Valdivieso, de 1619, junto con estudio histórico del episcopado ourensano. En 1845 es inaugurado el primer Instituto de Enseñanza Secundaria, gracias al entusiasmo del Gobernador civil y a la autoridad y prestigio suyo. Veinte años después, en el curso de 1865 a 1866, el profesor Gaite y Núñez recordaba su inauguración citando al "anciano señor Bedoya, modelo de virtud y ciencia".
El 29 de mayo de 1847 es nombrado obispo de Ourense por el Papa Pío IX a sus 77 años, renunciando a la mitra, el 16 de agosto del mismo año. En sus últimos años de vida, publica importantes obras históricas y literarias suyas, entre ellas, La vida de Don Pedro Quevedo y Quintano, obispo de Orense, Los poetas Inspirados, tomados de la Biblia e Instrucciones cristianas para militares.
Muere a la edad de 80 años, el 10 de mayo de 1850, en su casa de la rúa san Pedro, donde vivió siempre durante su larga estancia en Ourense. En el día de su muerte circuló por toda la ciudad un hoja escrita que decía: "hemos perdido al hombre honrado, pacífico y dadivoso, al eminente literato, al eclesiástico de costumbres puras, al culto y docto teólogo, infatigable en las tareas eclesiales; tantas bellas cualidades le hacían el ídolo y eran el orgullo de los orensanos". Frases y palabras que recoge Benito Fernández Alonso en su obra Crónica de los obispos de Ourense.
Sus restos mortales fueron sepultados en la catedral, cerca del púlpito del Evangelio, sin letrero alguno. Su memoria queda viva en una rúa ourensana y en sus numerosas obras históricas y literarias. Juan Manuel Bedoya Díez, deán y gobernador de la diócesis de Ourense, fue una persona y un clérigo liberal partidario de las reformas eclesiásticas, pero no en la forma y manera con que los gobiernos liberales progresistas, Mendizábal y Espartero, las llevaron a cabo. Le tocó ver y sufrir la extinción de los monasterios y conventos religiosos, la declaración y venta de sus bienes y propiedades, la supresión de los diezmos y primicias eclesiásticos, la declaración y la venta de los bienes del clero secular, parroquial, colegial y catedralicio.
Su producción literaria grande y fecunda es la siguiente:
Fiestas y obsequios del cabildo de Orense a su Excmo. Prelado (Madrid, 1917), Oración fúnebre a la buena memoria del Eminentísimo del Sr Don Pedro Quevedo y Quintano (Santiago, 1818). Sermón en las solemnes exequias por la reina de las Españas, Dña María Luisa de Borbón, madre del rey nuestro señor Fernando VII, Sermón en la reinstalación del Colegio de San Fernando, Seminario Conciliar de Ourense (Alcalá de Henares, 1820). Sermón en la catedral de Orense con motivo de instalarse la Diputación provincial y de inaugurarse la lápida de la Constitución (Orense 1822).
Preaenotionum Theologicarum Specimen (Orense 1923), El pueblo instruido en sus deberes religiosos (Santiago 1825), Memoria sobre el desagüe de la laguna de Antela o Limia (Orense 1830), El cementerio de la ciudad de Orense (Orense 1834). Manual de ordenados según el pontifical romano (Orense 1934), El buen auspicio (Madrid 1834), dedicado a su amigo, el obispo de Astorga, don Félix Torres Amat.
Retrato histórico del Excmo e Ilmo Sr don Pedro Quevedo y Quintano, presbítero cardenal de la Santa Romana Iglesia, obispo de Orense (Madrid 1935), Sermón en la Santa Iglesia Catedral de Orense en acción de gracias por la paz de Vergara de 1939 y por la fuga del pretendiente (Orense 1839). Memorias históricas de Berlanga (Orense 1940, primera edición, y segunda más completa en 1945), Sermón en la dedicación del panteón de mármol trabajado en Roma para los restos mortales de don Pedro Quevedo y Quintano (Orense 1840), Sinodales del obispado de Orense (Orense 1843), Vida de don Pedro Quevedo y Quintano, obispo de Orense (Madrid 1847).
Alocución del deán de Orense, auditor honorario del Tribunal de la Rota, don Juan Manuel Bedoya, a su cabildo (Orense 1848), Instrucciones cristianas para militares (Orense 1848), Nacimiento y crianza de San Fernando en Galicia (Orense 1948), Los poetas inspirados (Burgos 1849), traducción en verso castellano de los libros poéticos de la Biblia. Colaboraciones en el Apéndice al Diccionario Geográfico de Miñano.
