En 1881, Emilia inicia una relación de amistad con Leopoldo Alas, Clarín, que se prolongará hasta 1889, fecha en que se rompe. Ambos eran de baja estatura y de la misma edad, periodistas, críticos literarios, novelistas y de temperamentos distintos pero intelectualmente y literariamente similares, oscilando él entre la tradición y la renovación, ella declarada naturalista, feminista y moderna, que había nacido en septiembre de 1851, y él en abril de 1852. Leopoldo era rubio, delgado, nervioso, sentimental, puritano y apasionado; ella era morena, sanguínea, gordita, alegre y extrovertida. Existen, pues, diferencias entre los dos que nacen de sus temperamentos y tienen sus afinidades en su gran inteligencia y cultura, por las cuales surge una correspondencia epistolar amistosa y literaria. Clarín que siente admiración por Emilia, le prologa su novela famosa naturalista La cuestión palpitante. Con fecha del 7 de febrero de 1884, a quien primeramente comunica la confección de la novela La regenta es a ella, quien le felicita cordialmente, diciéndole: "Que se ha doctorado de novelista sin graduarse antes de bachiller y licenciado". El 4 de junio 1885, Clarín participa activamente en una cena que los escritores organizan en el Café Inglés, en Madrid, con motivo de su regreso de París, a la que asisten entre otros Pérez Galdós, Castelar, Echegaray, Núñez de Arce, Campoamor, Menéndez Pelayo, Octavio Picón y Moya. La pública amistad amorosa sentimental de Emilia con Lázaro Galdeano, su protagonismo en la revista La España Moderna y su actividad de crítica literaria a ciertas obras de Leopoldo Alas, Clarín, propician que este haga el siguiente juicio crítico sobre determinadas novelas de ella. Concretamente, en 1889 sobre Insolación le escribe: "Es la menos digna de encomio de cuantas novelas ha escrito". Sobre Morriña le dice: "Doña Emilia escribe demasiadas novelas, dos novelas en cinco meses, ¡ahí es nada!, resulta a ratos que escribe por escribir, siempre discreta, siempre hábil, pero muchas veces fabrica encajes de telarañas". Sobre las novelas Una cristiana y La prueba, en 1890, le manifiesta: "Uno ve en la Pardo Bazán al naturalista, al racionalista, al pesimista, pero no al cristiano". La manía persecutoria de Clarín contra Emilia se acentúa a partir de la publicación de la revista, Nuevo Teatro Crítico, de la que ella es fundadora y directora, criticando fuertemente sus artículos en el Madrid Cómico y en El heraldo de Madrid. En junio de 1891 la descalifica en su carta dirigida a Benito Pérez Galdós. En septiembre de 1891, cruelmente la injuria por su vida y citas de amistades amorosas. El 1 de agosto de 1891, Clarín publica en Paliques un artículo titulado Emilia Pardo Bazán y sus últimas obras, en donde dice: "Doña Emilia escribe como un hombre, porque si en ella nos empeñamos en buscar la inspiración femenina, caeríamos en la injusticia de decir que no tiene estilo femenino ni tiene inspiración..., su erudición es de segunda mano..., la religión, que es capacidad de enamorarse del misterio es lo más flojo de doña Emilia, considerada como pensadora y artista, en mi sentir su espíritu es laico". Emilia no le contesta y guarda silencio. Sobre los artículos de Emilia sobre la amistad y el sexo publicados en la revista Nuevo Teatro Crítico, Clarín escribe: "Declaro que uno de los argumentos que más me molestan en los partidarios de la mujer bigotuda de espíritu es el que consiste en decir ´¿ Y qué importa que la hembra humana deje de ser graciosa y bella, un instrumento de placer para el macho, si se dignifica, se eleva y emancipa?". Continúa: "Para mí, sin ánimo de ofender a nadie, toda mujer que sin ser esclava siendo mujer como ahora tiene algo en el alma o en el cuerpo; y todo hombre que se inclina a creer a las mujeres que se quejan en tal sentido tiene algo de afeminado en su alma o en su cuerpo". A partir de 1894, en que termina la publicación del Nuevo Teatro Crítico, cesan sus críticas ácidas sobre nuestra protagonista. Con ocasión de la muerte de Leopoldo Alas, Clarín, el 13 de junio de 1901, no hace comentario alguno, en medio de la ola de elogios, sin embargo, en carta dirigida por Emilia a Emilio Ferrari, con fecha 26 de julio de dicho año, le dice: "Con Clarín se muere un pedazo, un resto de juventud, mire usted, yo pasé cuatro o seis años de mi vida sin que sin un solo instante dejasen de sonar en mis oídos los ladridos furiosos del can". Otro de los escritores que no mostraron simpatía alguna por Emilia fue Palacio Valdés por ser mujer moderna y feminista, por su diferente sensibilidad literaria y por el éxito obtenido por la novela Los Pazos de Ulloa, influyendo sobre Clarín en contra de ella. Emilia consideraba a Palacio Valdés un escritor soso, con poca imaginación y un novelista de segunda fila. Se alegra y felicita a Clarín por sus críticas negativas sobre la novela Insolación. Las descalificaciones de José María Pereda y de Leopoldo Alas, Clarín, sobre ella influirán negativamente sobre otros escritores y críticos literarios, tal será el caso de Manuel Rodríguez Murguía y otros.
