La evaluación de fin de etapa de Primaria, que realizarán alumnos de 6º, también será muestral (solo la harán los centros que les toque) y diagnóstica, con afán, según la normativa del Ministerio de Educación, de medir destrezas. Al igual que la de Secundaria, la de Primaria se celebrará hacia final de curso, entre los meses de mayo y junio.

También en este caso las pruebas serán corregidas por profesores externos, que desconozcan al alumnado examinado, si bien consta en la normativa con la condición también de funcionarios. La orden ministerial da opción a los centros educativos de no incluir en el marco muestral de la evaluación "a alumnos con dificultades específicas de aprendizaje o con adaptaciones curriculares significativas".

En Primaria se entregarán también cuestionarios de contexto y la Administración educativa elaborará un informe que reflejará los resultados obtenidos por los centros, con un resumen de indicadores para la comunidad educativa.

El ministro de Educación, Cultura y Deporte, Íñigo Méndez de Vigo, aseguraba en abril del año pasado que se comprometía a no hacer públicos los resultados de la evaluación final de Primaria de la Ley Orgánica para la Mejora de la Calidad Educativa para evitar así que se hagan rankings de centros, uno de los temores de la comunidad educativa que se oponía a la realización de esta prueba de 6º de Primaria. Finalmente en Galicia se realizó este control de fin de etapa los días 11, 12 y 13 de mayo.