El Códice Calixtino, además, ha contribuido al desarrollo de la polifonía musical. Buide cita cómo algunos investigadores consideran que acoge el primer ejemplo de polifonía de la Edad Media. En varios folios, se recogen letras de himnos u oraciones con anotaciones musicales. El archivero de la catedral de Santiago señala que "una de las partes más características del Códice" es la inclusión de las oraciones con música. Esta viene determinada por una línea de texto con dos líneas de voz y puntitos señalando cuándo subir o bajar la entonación cantando.

Esto aparece en una parte del Libro Primero pero también al final del libro figura el Himno de los Peregrinos, conocido como Dum paterfamilias. En latín, hace referencia a los milagros del Apóstol, cita que se encuentra en Galicia y recoge varias palabras no latinas de otros idiomas así como la expresión Ultreia. Esta, del latín corrupto medieval, significa más allá, más arriba. "Es el lema del peregrino y recuerda al lema olímpico más alto, más fuerte, más rápido", añade el archivero compostelano. La frase olímpica arranca de 1891 del sacerdote dominico Henri Didon.

Otra curiosidad es que en el libro segundo, el de los milagros de Santiago, se encuentra la explicación a la frase "Santo Domingo de la Calzada (La Rioja) donde la gallina cantó después de asada". Se refiere a "la parte menos histórica del Códice pero que ha quedado en el imaginario colectivo", añade Buide, en alusión al "milagro" que aconteció a un padre que vio a su hijo vivo, en teoría ya fallecido acusado con él de haber robado a un mesonero que escondió pertenencias en los bolsos de ambos peregrinos simulando que le habían robado. El juez no creyó al padre que el hijo, ahorcado, siguiese vivo y dijo que eso era tan cierto como que la gallina que se estaba comiendo cantaría. "Y la gallina cantó", apunta el Archivero.