El Centro Criptológico Nacional, adscrito al Centro Nacional de Inteligencia (CNI), advierte en un informe sobre los riesgos de uso de WhatsApp y apunta al proceso de registro como una de sus principales debilidades, dado que podría permitir a un intruso hacerse con la cuenta de usuario de otra persona, leer los mensajes recibidos e incluso enviarlos en su nombre.

En un informe explica que el intercambio de "información personal sensible que se produce a diario en esta plataforma, junto con la escasa percepción de riesgo que los usuarios tienen con los dispositivos móviles, ha convertido a WhatsApp en un entorno atractivo para ciberatacantes". La carencia más importante de la plataforma reside en el proceso de alta y verificación de los usuarios.