La protección de la fauna ocupa un lugar destacado en las medidas que tendrá que adoptar la empresa constructora del enlace ferroviario, que no podrá llevar a cabo voladuras -salvo dentro de los túneles- entre marzo y junio para evitar perjuicios a las aves durante su periodo reproductivo. También estarán prohibidos los trabajos nocturnos y el uso de iluminación artificial a partir de las 23.00 horas.
En el arroyo de A Cortina se obliga a extremar las precauciones para proteger a los anfibios, para lo que se garantizará la calidad del agua. Al discurrir el trazado de las vías que llegarán hasta punta Langosteira muy próximo a la costa, el proyecto deberá hacer prospecciones para localizar posibles nidos de cormorán moñudo, especie incluida en el catálogo de especies amenazadas en Galicia, mientras que se adoptarán medidas para evitar daños al lobo y al escribano palustre, esta última una especie en peligro de extinción.
