En su escrito de acusación, presentado el 27 de octubre, el fiscal solicita la apertura de juicio oral frente al maquinista, al que considera autor de 80 delitos de homicidio por imprudencia grave profesional y 144 delitos de lesiones, y para el que pide una pena de cuatro años de prisión y la inhabilitación especial para la profesión de maquinista de ferrocarriles por seis años.

En el ámbito de la responsabilidad civil por fallecimiento, lesiones y daños, solicita que se indemnice a las víctimas por un importe que suma 42,8 millones de euros, con responsabilidad civil directa de la compañía aseguradora QBE Insurance y con responsabilidad subsidiaria de Renfe Operadora.

El pasado 7 de octubre, el juez instructor del Alvia, Andrés Lago, emitió un auto con el que daba por cerrada la instrucción de la causa, con el maquinista como único imputado. El magistrado concluye que la seguridad "podía ser mejor" en Angrois, pero señala la velocidad como única causa del siniestro. La "causa directa, inmediata y que decididamente ha desencadenado el desgraciado accidente" que tuvo lugar el pasado 24 de julio de 2013 fue el exceso de velocidad, según el auto del instructor.