Las Fragas do Eume han perdido una importante masa forestal autóctona. Esta pérdida del originario bosque atlántico se debe a la reforestación de nuevas plantas de crecimiento rápido como el eucalipto. Según señala el estudio de la Universidad Rey Juan Carlos Impactos en los cambios en el uso del suelo y patrones de fragmentación en la costa atlántica, publicado en la revista medioambiental Journal of Environmental Management, la disminución neta de la superficie total de bosque atlántico que sufrió la Fraga entre 1957 y 2003 es del 20%. En 2003, ya solo representaba al terreno boscoso un 30% de la zona del paisaje.
La investigación muestra que los cambios del uso del suelo que se han producido en los últimos años, principalmente por la intensificación de plantaciones de eucaliptos, han afectado negativamente a los hábitats boscosos, aunque algunos continúan a través de la regeneración de su flora.
La pérdida de bosques en el área de estudio se debe a un incremento de plantaciones de especies exóticas, principalmente eucaliptos, como ocurre en otras regiones de la Península, y, en menor grado, a la construcción de embalses. Esto contrasta con las pérdidas registradas durante las últimas décadas debido a la tala y la agricultura, según el estudio universitario, que supone una ayuda para la deforestación. El delegado de la Sociedade Galega de Historia Natural, Joam Luis Ferreiro, achaca a los incendios "un problema forestal aunque sería más bien una causa indirecta".
La reforestación, que ocurre desde el siglo pasado, ha obviado las plantaciones originarias, que son de crecimiento lento para dejar paso a las que son de rápido. El eucalipto es la plantación más abundante en las fragas y durante la segunda mitad del siglo XX ha sufrido el mayor incremento de la superficie, con un 197%, según los datos aportados por el trabajo de la universidad madrileña. La transición de las plantaciones de eucalipto se encuentra en todas las clases de cobertura importantes de la tierra.
El delegado de la Sociedade de Historia Natural destaca que uno de los motivos por los que se planta eucalipto es por una cuestión empresarial, porque "interesa plantar especies que creen una masa rápida para conseguir papel", y recuerda que As Fragas do Eume deberían estar pobladas de una gran diversidad de árboles como "carballos o castiñeiras, porque es un bosque mixto, pero carballos ya no se ven en las Fragas".
Los propietarios de fincas privadas dentro de las propias fragas, suponen, según Luis Ferreiro, otro problema para la pérdida de bosque atlántico en este espacio natural protegido porque "plantan en sus terrenos lo que ellos quieren y no hay una regla de la Xunta que regule esta situación". El representante de la entidad ecologista propone "normativizar las plantaciones para poder tener un mayor control sobre este problema". Ferreiro opina que si hubiera una mayor "demanda" para repoblar el bosque, la Xunta "tomaría medidas al respecto".
El parque natural de As Fragas do Eume está protegido por la Rede Natura 2000 aunque esto no le exime de problemas. El estudio publicado recuerda que los cambios en los paisajes forestales pueden tener importantes consecuencias para los ecosistemas y la biodiversidad de conservación. El problema forestal también afecta a la fauna autóctona. "Al eliminar las especies arbóreas, también están desapareciendo los animales ligados al bosque", recuerda Ferreiro.
Las características del bosque atlántico están adaptadas a la situación geográfica en que se encuentran. Luis Ferreiro argumenta que cuando se da un incendio en la Fraga, se ven afectadas "las plantaciones como el eucalipto, que arden a la velocidad de la luz, pero no las propias del bosque" y recuerda que las "zonas arbóreas están adaptadas al medio, por eso la estructura de los árboles presenta una mayor resistencia frente a las intrusas, que han sido plantadas en un bosque impropio".
