CovidBens ya no mide la presencia de SARS-CoV-2 en las aguas que se vierten a la depuradora (EDAR) de A Coruña. El proyecto, que reportó su último informe la semana pasada, finaliza dos años después de iniciarse y tras haber demostrado, con creces, la eficacia del rastreo de las aguas residuales como sistema de detección temprana de ese coronavirus. Microbiólogos del Instituto de Investigación Biomédica (Inibic)-Complexo Hospitalario Universitario de A Coruña (Chuac), estadísticos e ingenieros informáticos del Centro de Tecnoloxías TIC (Citic) de la Universidade da Coruña (UDC), así como expertos del Centro de Investigacións Científicas Avanzadas (CICA) de la UDC, de otras instituciones —como las universidades de Santiago (USC) y Vigo (UVigo)— y trabajadores de la propia EDAR capitaneados por su director general, Carlos Lamora, han formado parte del proyecto, que se despide habiendo firmado éxitos como la predicción de brotes de COVID con hasta 18 días de antelación o la identificación en las aguas residuales coruñesas de las distintas variantes del virus, la última el sublinaje BA.2 de ómicron, cuando apenas se habían notificado unos pocos diagnósticos en España.
“El balance de CovidBens es muy positivo. Creamos un grupo multidisciplinar, y sobre todo un vínculo, pese a que entre muchos de los integrantes del equipo no existía un contacto previo”, resalta la doctora Margarita Poza, microbióloga del Inibic, profesora de la UDC y coordinadora del proyecto, quien detalla que éste empezó a gestarse “en los primeros días de abril de 2020”, cuando Carlos Lamora contactó con ella para plantearle “si sería posible hacer algo con respecto al SARS-CoV-2” en la EDAR coruñesa porque, en aquel momento de desconocimiento absoluto sobre ese coronavirus, “le daba respeto pensar que pudiesen llegar a infectarse los operarios”.
“Me propuso financiar un proyecto para ese asunto, y empecé a informarme sobre lo que se estaba haciendo en países como Holanda, donde ya se realizaba algo similar en una zona cercana al aeropuerto de Schiphol (Ámsterdam), puesto que nosotros no habíamos trabajado con aguas residuales hasta ese momento. Cuando de pronto leí que era posible anticiparse a los brotes de SARS-CoV-2 a través del análisis de ese medio, nos dimos cuenta del impacto que CovidBens podía llegar a tener”, subraya la doctora Poza, quien especifica que, “solo unos pocos días después”, se agregaron al proyecto los equipos de ingenieros informáticos y estadísticos coordinados por los profesores Susana Ladra y Ricardo Cao, respectivamente, del Citic. “A nivel de resultados, su participación en CovidBens ha sido muy impactante”, resalta.
Cuenta la profesora Ladra, ingeniera informática, coordinadora del Campus Innova de la UDC y vicepresidenta del Colexio Profesional de Enxeñería en Informática de Galicia (Cpeig), que su grupo de investigación, Laboratorio de Bases de Datos del Citic, se unió a CovidBens con una labor inicial, “fundamentalmente, de apoyo”, mediante “el desarrollo de una herramienta para la gestión de los datos” obtenidos de las mediciones de las aguas residuales de la EDAR de Bens dado que, en aquel momento, “aún no había la parte de la secuenciación”. “En abril de 2020, Margarita Poza nos propuso la posibilidad de colaborar en la gestión de los datos de CovidBens. Casi inmediatamente, nos planteó que se uniesen al proyecto Ricardo Cao y su equipo, y me pareció una idea fantástica porque Ricardo es un crack”, señala.
"Dejamos CovidBens un poco tristes porque creemos que este sistema de vigilancia debería implantarse para siempre, pero muy satisfechos por lo que hemos conseguido hacer y por habernos encontrado"
Para el profesor Cao, catedrático de Estadística de la UDC y presidente del Comité de Expertos de la Acción Matemática contra el Coronavirus, CovidBens ha sido “una de las experiencias más positivas” de su trayectoria como investigador. “Desarrollamos un trabajo multidisciplinar, con la participación desinteresada de compañeros de ramas tan diversas como la microbiología, la informática, las matemáticas o las bases de datos, y con la indispensable colaboración de otros profesionales, como los trabajadores de la EDAR de Bens, que nos dieron apoyo en cuestiones como la recogida de las muestras”, recalca, inmediatamente antes de reivindicar que “todos y cada uno” de los integrantes del equipo sienten CovidBens “como un servicio público útil para las autoridades sanitarias, y también para los ciudadanos de a pie”. “Lo notamos cuando en nuestro entorno nos preguntaban por el proyecto, algo que no es habitual en el ámbito científico y que resulta muy gratificante”, asegura.
El catedrático de Estadística de la UDC supo que se estaba gestando un proyecto relacionado con el análisis de la presencia de SARS-CoV-2 en las aguas que se vierten a Bens apenas unos días después de haber sido nombrado presidente del comité de expertos de la Acción Matemática contra el Coronavirus. “Tras informarme el Citic, contacté con Margarita Poza y con Carlos Lamora para ofrecerles mi colaboración. La respuesta fue inmediata y magnífica por parte de ambos, y a los dos o tres días ya nos reunimos, por primera vez, de forma virtual”, explica el profesor Cao, quien recuerda esa primera etapa de CovidBens como un periodo “muy ilusionante” y “de gran interés”.
“Hasta julio de 2020, nos dedicamos, sobre todo, a poner a punto nuestro modelo predictivo de los casos activos de SARS-CoV-2, dado que la información epidemiológica que había era bastante mejorable debido a la escasez de pruebas diagnósticas”, apunta el catedrático de Estadística de la UDC, a lo que la doctora Poza agrega: “Desarrollar ese modelo estadístico fue nuestro principal objetivo durante esos primeros tres meses, y lo conseguimos con un esfuerzo brutal por parte de todo el equipo, puesto que en la primera ola de la pandemia las condiciones de trabajo eran muy complicadas. Mi grupo se emplaza en el Servicio de Microbiología del Chuac, los compañeros que atienden las muestras clínicas lo estaban pasando mal y la situación era bastante estresante. Intentábamos ayudarles en todo lo posible y, al mismo tiempo, estábamos volcados en el tema de las aguas residuales, dado que el resto de proyectos se paralizaron”.
Durante esa etapa, recuerda la coordinadora de CovidBens, se intentó “sacar el mayor número de muestras posibles” en “diferentes zonas de A Coruña” y “a una frecuencia tremenda, incluso varias veces al día”, para su procesamiento. “Todo esto, con la colaboración de un montón de compañeros que se ofrecieron a ayudar. La EDAR de Bens financió desde el principio el costoso material que requiere un proyecto de esta envergadura, pero los recursos humanos los pusimos nosotros, de forma voluntaria”, explica la doctora Poza, y enfatiza: “Los investigadores de CovidBens no estábamos contratados para este proyecto, salvo algún caso muy puntual”.
"CovidBens ha sido una de las experiencias más positivas de mi vida en el ámbito de la investigación; puede parecer grandilocuente, pero es la realidad"
Coincide el doctor Juan Vallejo, microbiólogo del Inibic e integrante del equipo de CovidBens, en describir esos inicios del proyecto como “un periodo sumamente intenso”. “El arranque fue complicado, porque solo podíamos hacer el tratamiento de las aguas residuales y extraer el material genético, pero no podíamos detectar el SARS-CoV-2 debido a que había una gran escasez de medios, en concreto de kits de PCR. Tuvimos que ingeniárnoslas para conservar ese material genético y medirlo luego, cuando llegasen los kits. Tampoco había material de protección, de hecho, los compañeros del CICA nos dejaron guantes y mascarillas para poder trabajar en el proyecto. Nos estábamos enfrentando a aguas residuales que supuestamente tenían una carga viral, pero desconocíamos el deterioro que sufría el SARS-CoV-2 en ese medio, y sin saber eso ignorábamos, también, su capacidad replicativa”, expone el doctor Vallejo, y en nombre del equipo, agradece el apoyo brindado, desde el principio, por el jefe de Microbiología del Chuac, el doctor Germán Bou.
Esa etapa, continúa, no estuvo exenta de otros “escollos” por “la propia naturaleza” de la situación que se vivía. “Durante varias semanas, tuvimos un muestreador en una arqueta del Chuac, un punto caliente en aquel momento, con una cifra de infectados bastante fiable. Nuestra hipótesis de trabajo era que la carga viral de esa arqueta, unida a su reflejo aguas abajo, en la entrada de la depuradora, podría ser útil para cuantificar el total de casos activos. Sin embargo, con el paso del tiempo constatamos que esa estrategia no era tan relevante, entre otras cosas, porque había días en los que, misteriosamente, no teníamos carga viral medida en el hospital. Ocurría de vez en cuando, hasta que descubrimos que un día a la semana liberaban agua caliente, durante toda la noche, como medida de limpieza. Eso hacía absolutamente imposible medir el ARN del SARS-CoV-2 en esa arqueta”, detalla.
Un “punto de inflexión” para el devenir de CovidBens fue el Estudio nacional de seroprevalencia de la infección por SARS-CoV-2, llevado a cabo por el Centro Nacional de Epidemiología (CNE), con la ayuda del Instituto Nacional de Estadística (INE), la Acción Matemática contra el Coronavirus y otros agentes. “Permitió estimar, de forma muy fiable, la proporción de infectados en los momentos puntuales en que se llevaron a cabo rondas del ensayo —una semana de abril, mayo y junio de 2020, y en noviembre de ese mismo año—. Esa información fue vital para nosotros, al permitirnos encontrar un modelo estadístico que tradujese la carga viral que detectábamos en las aguas residuales con el número de personas realmente infectadas con el virus”, especifica el profesor Ricardo Cao.
La sucesivas olas
Tras el confinamiento domiciliario de la primera ola de la pandemia, cuando “la incidencia bajó muchísimo” y, según la doctora Margarita Poza, “en las aguas residuales de A Coruña apenas se detectaba carga viral”, llegó el verano, la ciudad se llenó de turistas y la situación epidemiológica se descontroló. “De pronto, en julio de 2020, empezamos a ver que la carga viral en las aguas residuales subía vertiginosamente. Decidimos contactar entonces con una serie de profesionales del ámbito sanitario para comunicarles lo que estaba sucediendo, pero al principio no nos hicieron demasiado caso. Fue un momento muy estresante, para mí uno más complicados de estos dos años, puesto que el sistema sanitario aún no nos tenía en cuenta, y los medios de comunicación tampoco. A partir de ahí, sin que nadie nos lo pidiese, empezamos a enviar informes a las autoridades sanitarias, y así estuvimos hasta que nos atrevimos a plantear que los datos de CovidBens se hiciesen públicos en la página web de la EDAR (https://edarbens.es/covid19/). Nos parecía fundamental que los ciudadanos de a pie pudiesen acceder a esa información, dado que el proyecto lo financiaba una empresa pública. Nos costó, pero finalmente lo conseguimos, en enero de 2021”, resalta.
El equipo de investigadores ha firmado éxitos como la predicción de brotes de COVID con hasta 18 días de antelación o la detección temprana en aguas residuales de las distintas variantes del SARS-CoV-2
Unos meses antes, “tras el verano de 2020”, se incorporó al proyecto la microbióloga Noelia Trigo, única investigadora con dedicación exclusiva a CovidBens. Llegó en otro de los periodos más intensos, cuando los miembros del equipo coordinado por la doctora Poza empezaron a analizar muestras de aguas residuales “los lunes, miércoles y viernes”, y a elaborar “dos informes semanales”, debido al aumento de los positivos en SARS-CoV-2.
“Fue una etapa un poco estresante, porque aparte de medir las muestras de las aguas que se vierten a la depuradora de Bens, empezamos con las de los concellos y las residencias sociosanitarias, y todo eso coincidió con la irrupción de la variante alfa y el inicio de la tercera ola de la pandemia, la que más impactó en nuestra área sanitaria”, refiere Trigo, quien recuerda, como una presión añadida, que las personas de su entorno más próximo le preguntasen cuál era la situación, con las fiestas navideñas a la vuelta de la esquina, dado que, en aquel momento, los datos que manejaban eran “peores incluso que los que podía reportar el sistema de salud pública”.
"Con CovidBens sentimos que contribuimos a transferir la ciencia a la sociedad, algo que personalmente necesito y que muchas veces echo en falta"
Con todo, esta joven microbióloga considera “muy reconfortante” el hecho de que CovidBens llegase a “tantísimos ciudadanos de a pie”. “Actuar como un servicio público y ofrecer a la sociedad información que las administraciones no han reportado, e incluso conseguir que los datos del proyecto se hiciesen públicos, son logros muy reseñables. Más aún, teniendo en cuenta que trabajamos con la previsión de tener listos esos datos de un día para otro, y con la exigencia de que, sí o sí, tenían que ser correctos. No podía haber errores porque eso generaría mucha controversia y, sobre todo, porque estamos hablando de una información que podía ayudar a reducir contagios de SARS-CoV-2, aunque cada cual la gestionase luego a su antojo”, señala.
También la profesora Susana Ladra destaca lo “satisfactorio” de ver “cómo la investigación que desarrollas trasciende el laboratorio”, e incluso “va más allá de un artículo publicado en una revista de interés para otros científicos” pero “no tanto para el conjunto de la sociedad”. “Con CovidBens sentimos que contribuimos a transferir la ciencia a la sociedad, algo que personalmente necesito, y que muchas veces echo en falta”, resalta. Además, “hay muy buen rollo entre los compañeros de los distintos grupos de investigación”, pese a que la mayoría no se conocían antes de iniciar el proyecto. “Las relaciones surgidas de CovidBens se han fortalecido hasta el punto de que Marga, Ricardo y yo vamos a codirigir alguna tesis, en este ámbito y fuera de él, y tenemos previsto colaborar en otras investigaciones”, apunta la ingeniera informática de la UDC, quien reivindica la participación en CovidBens de “compañeros de otras instituciones”, como David Posada, catedrático de Genética de la UVigo.
Secuenciación de variantes
Otro “momento clave” de CovidBens, subraya el profesor Ricardo Cao, fue el inicio de la secuenciación de las variantes del SARS-CoV-2 en las aguas que se vierten a la depuradora de Bens, un paso más en el proyecto y un reto “precioso” por “la problemática estadística” que planteaba, que obligó a reformular los modelos de predicción empleados hasta entonces por los investigadores, mediante herramientas como “la estimación por máxima verosimilitud”. “Esto nos permitió ver si las mutaciones que estaban en determinadas posiciones eran compatibles, por ejemplo, con la variante alfa. Y en base a esto, también, pudimos estimar otras cuestiones que no llegaban tanto al gran público, como la proporción de alfa que se detectaba en A Coruña, desde enero hasta abril de 2021”, señala.
La EDAR de Bens financió desde el principio el costoso material del proyecto, pero los investigadores han colaborado de forma voluntaria, a excepción de algún contrato muy puntual
Reivindica el catedrático de Estadística de la UDC que el proyecto “no habría sido una realidad si la EDAR de Bens no hubiese financiado, desde el principio, los gastos materiales y de obtención de las muestras”, pero admite que les queda la “espinita” de que “no hubiese una mayor implicación por parte de las autoridades sanitarias”. “Quizás por reticencias, o porque la epidemiología ha estado siempre muy basada en la observación del paciente clínico individual, algo súper importante. No obstante, en el momento en que disponemos de herramientas que nos sitúan en una atalaya privilegiada, donde con la mera observación y análisis de lo que ocurre en las aguas residuales nos podemos hacer una idea muy buena de cómo se encuentra la población, las administraciones sanitarias deberían haber hecho uso de ella”, considera, e incide: “La información que se obtiene de las aguas residuales es la fotografía más precisa de la situación real de esta pandemia. Por eso sería interesante que este tipo de sistemas de alerta se mantuviesen, en el tiempo, para detectar cualquier posible cambio y encender las alertas si fuese preciso, ante el SARS-CoV-2 o cualquier otro virus”.
A este respecto, la profesora Susana Ladra agrega: “En esta ocasión ha sido el SARS-CoV-2, pero pueden aparecer nuevos virus respiratorios o de otro tipo, y nos parece fundamental aprovechar el conocimiento que generamos en estos dos últimos años. Nuestra apuesta consistía en la puesta en marcha de una red de monitorización periódica, quincenal o mensual, en las aguas residuales. Con CovidBens constatamos que el análisis de ese medio nos permite radiografiar el estado de salud de la sociedad, constituye un sistema eficaz de alerta temprana y es absurdo desperdiciar todo eso”.
Coincide, la doctora Margarita Poza, en que los sistemas de alerta temprana en aguas residuales “deberían mantenerse siempre, otra cosa es que se quieran apoyar”, recalca la coordinadora del proyecto, y resume: “Dejamos CovidBens un poco tristes porque creemos que este sistema de vigilancia debería implantarse para siempre, pero muy satisfechos por lo que hemos conseguido hacer y por habernos encontrado”.
